Bộ Tài chính đang đưa ra dự thảo mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí bay qua vùng trời Việt Nam với nội dung cơ bản vẫn được giữ như quy định hiện hành tại Thông tư số 196/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính và thay đổi một số nội dung về tổ chức thu, nộp cho phù hợp với Luật Phí và lệ phí mới được thông qua.

Theo đó, các mức thu phí dự kiến vẫn được giữ nguyên và tính theo trọng tải cất cánh tối đa: đối với chuyến bay thường lệ có cự ly bay qua vùng trời Việt Nam dưới 500 km, mức thu từ 115 USD/chuyến bay đến 480 USD/chuyến bay; từ 500km trở lên có mức thu từ 129 USD/chuyến bay đến 520USD/chuyến bay.

Đối với chuyến bay qua vùng trời Việt Nam và vùng thông báo bay do Việt Nam quản lý, mức thu tương ứng 61USD/chuyến bay đến 253USD/chuyến bay và 68 USD/chuyến bay đến 274 USD/chuyến bay.

Đối với chuyến bay không thường lệ, mức phí bằng 120% mức thu phí nói trên.

Các chuyến bay bay qua vùng trời Việt Nam không vì mục đích thương mại dự kiến sẽ được miễn phí gồm chuyến bay chuyên cơ, chuyến bay công vụ, chuyến bay tìm kiếm cứu nạn, vận chuyển hàng viện trợ nhân đạo, cứu trợ lũ lụt, thiên tai và làm nhiệm vụ nhân đạo khác.

Phí bay qua vùng trời Việt Nam là khoản thu thuộc Ngân sách nhà nước, là đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam có trách nhiệm thu phí, nộp 100% vào Ngân sách trung ương.